Спасенные верующими сотрудниками музея от уничтожения мощи были спрятаны в грунте на чердаке собора. 28 февраля 1991 г. мощи были обретены и освидетельствованы. Из Преображенского собора Санкт-Петербурга мощи были доставлены в Богоявленский собор г. Москвы, затем — в Курск, а оттуда — в Белгород. 16 сентября 1991 г. мощи святителя Иоасафа были перенесены торжественным крестным ходом, возглавляемым Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, в Преображенский кафедральный собор г. Белгорода, где было совершено всенощное бдение, а на следующий день — Патриаршая Божественная Литургия и молебен Святителю. С тех пор мощи святителя Иоасафа пребывают в Преображенском кафедральном соборе г. Белгорода. В 1997 г. в день праздника Успения Пресвятой Богородицы, а в 1998 и 1999 годах — в праздник Преображения Господня мощи Святителя переносились крестным ходом в Николо-Иоасафовский собор, где находились до 16 сентября, когда снова возвращались крестным ходом в Преображенский собор. Таким образом, установлена новая традиция в почитании Святителя.

В 2004 году, когда совершалось празднование 250-летия со дня кончины Святителя Иоасафа, святые мощи были торжественно обнесены по всем благочиниям Белгородской епархии и наиоболее крупным приходам. В 2005 году, когда совершалось празднование 300-летия со дня рождения Святителя Иоасафа и 10-летия возрождения Белгородской и Старооскольской епархии, ковчежец с частицей святых мощей Святителя был обнесен по всем приходам епархии, включая небольшие и труднодоступные селения.

Чудесное обновление иконы пресвятой Богородицы «Знамение».

Чудесное обновление иконы Пресвятой Богородицы «Знамение», которая была найдена в одном из полуразрушенных домов Белгорода. Эта икона и икона Святителя Иоасафа — подобная по ей по размеру и материалу — были помещены на застекленной витрине рядом с документами, свидетельствующими о вскрытии мощей Святителя на развернутой в музее с 17 сентября по 17 ноября 1998 г. выставке «Дорогою любви Христовой», посвященной памяти Святителя. Икона «Знамение», вначале целиком покрытая ржавчиной, за время проведения выставки (когда к иконе под стеклом не прикасалась рука человека) чудесно просветлела: ржавчина постепенно исчезла с лика и рук образа Пресвятой Богородицы, с лика и нимба над головой Богомладенца, затем — с подписи под иконой. Сотрудники музея, в числе которых были и люди неверующие, видя это явное чудо, составили соответствующий Акт, заверив его своими подписями и печатью музея, а икону передали 7 декабря 1998 г. настоятелю Преображенского кафедрального собора протоиерею Олегу Николаевичу Кобцу.

Белгородско-Смоленская икона Божией Матери «Одигитрия».

Белгородско-Смоленская икона Божией Матери чудесно просияла в ночь на 15 октября 1703 г. над вратами крепостной стены г. Белгорода. В 1743 г. был возведен Смоленский собор, в котором святыня находилась до закрытия храма в 1920-е гг. Долгое время чудотворная икона считалась утраченной. Вновь была обретена в 1990-х гг. В настоящее время почитаемый образ находится в восстановленном Смоленском соборе г. Белгорода. День память 2/15 октября.

Старейшая икона «Николай ратный».

Иконе святителя Николая, именуемой «Николай Ратный» — более 500 лет. По преданию, она защитила жителей села Устинка (Шебекинский район) от нападения монголо-татарских войск. Увидев неприятеля, насельники Николаевской пустыни, находившейся в селе, вышли навстречу ему с иконой сет. Николая Чудотворца. Переправлявшиеся через реку татары вдруг остановились, начали тесниться и падать с плотины, в воду. В советские годы почитаемая икона была утеряна. Обретение святыни произошло в 1995 г. Сегодня она находится в Преображенском кафедральном соборе г. Белгорода.

Чудотворный Кошарский Крест.

Чудотворный Кошарский Крест был изготовлен на Афоне и подарен иноком Афонского монастыря своему брату Юрию Выродову — землевладельцу, проживающему в с. Кошары. Но помещик не питал к святыне благоговения, и однажды после неудачной охоты приказал бросить Крест в болото.
Чудесное обретение поруганной святыни произошло в конце XVIII века. Слепой, услышавший во сне обещание, что будет исцелен, если найдет и вынесет из трясины Крест, тотчас прозрел, прикоснувшись к своей находке. Кошарский Крест находится в Крестовоздвиженском храме г. Белгорода.

Подземный монастырь в Холках.

Холков-Царев-Николаевский, или Троицкий мужской подземный монастырь был основан в 1620 году иноком Геласием. Происхождение холковских пещер до сих пор остается загадкой. Неизвестно, рыли их иноки в первой четверти XVII века или они уже существовали до их прихода сюда. По своему архитектурному и планировочному решению холковские пещеры напоминают знаменитые Киево-Печерские. В 1764 году указом Екатерины II Холковский монастырь был упразднен. Богослужение в отреставрированном подземном Свято-Троицком храме возобновилось в 1995 году.